อบก. มีการดำเนินงานการจัดวางระบบการบริหารความเสี่ยงและระบบการควบคุมภายใน เพื่อให้การบริหารจัดการภาครัฐเป็นไปตามพระราชกฤษฎีกาการจัดตั้งองค์การบริหารจัดการก๊าซเรือนกระจก (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2550 และเป็นไปตามแนวการบริหารเชิงยุทธศาสตร์ ที่ อบก. ดำเนินการอยู่ในปัจจุบัน โดยเป็นการดำเนินงานภายใต้คำรับรองการปฏิบัติงาน ของ อบก. มาตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. 2553